Dopo il vaglio del Presidente della Repubblica, la manovra anticrisi ideata da Tremonti risparmia una serie di prestigiosi enti di ricerca, ai vertici della produttività scientifica nazionale, fra cui l'Istituto nazionale di astrofisica (INAF), l'Istituto nazionale di alta matematica (INDAM), l'Istituto nazionale di oceanografia e geofisica sperimentale (OGS) e la Stazione zoologica A. Dohrn di Napoli. Nella prima stesura del decreto era previsto che questi enti fossero soppressi e il personale a tempo indeterminato trasferito al CNR o ad altri enti e ministeri: destino che continuerà a valere soprattutto per le stazioni sperimentali (vedi elenco in calce).
Per quanto riguarda invece il finanziamento dello Stato a enti, istituti e fondazioni, la nuova formulazione prevede il dimezzamento secco degli stanziamenti (articolo 7 comma 24). Saranno poi i ministri competenti (Bondi e Gelmini) a decidere entro 60 giorni come utilizzare le risorse rimaste disponibili. Nella prima stesura c'era invece un elenco di 232 enti culturali o scientifici a cui i finanziamenti venivano d'un tratto annullati: tra questi l'Istituto di studi filosofici di Napoli, l'Arena di Verona, il Poldi Pezzoli di Milano, il Centro sperimentale di cinematografia, il Festival di Spoleto, la Fondazione Feltrinelli, la Triennale di Milano, la Fondazione Basso, la Querini Stampalia di Venezia eccetera. Sarà compito degli intellettuali e degli scienziati italiani vigilare perché nell'operazione non vadano persi pezzi importanti della cultura del paese.
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